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赵佶君臣恨方腊，甚至到了饮方腊血，食方腊肉，啃方腊骨的地步。
东南地区，先是遭到了方腊义军的破坏，之后又遭到了宋军破坏。
共计：
方腊起义共给东南地区造成了两百多万众民的死亡。
再加上战死了的义军。
死亡的总人数接近三百万这还是因为被梁山军救走了两三百万，否则最少还得再增加一百多万。
东南经济因此遭受了极其严重破坏。
宋国的国力也因此下降了不少。
更为关键的是，方腊一伙，残杀官吏，对所俘虏的地方官吏不分青红皂白，定要割其肉，断其体，取其肺肠，或者熬成膏油，乱箭穿身，用各种办法折磨他们，讨还血债，以解心头恨。
另外，方腊还曾下令，发掘蔡京祖父坟墓，暴露其骸骨。
现如今，方腊得为他曾经的所作所为买单了。
已经闲赋在家的蔡京听说捉住了方腊，连夜来见赵佶，奏请圣旨，将方腊一伙全都于东京市曹上，凌迟处死。
次日，蔡攸也带头请旨剐了方腊等人。
后来，郑居中等人相劝，才只刮方腊一人，其余被解上东京汴梁的方腊义军头目，皆施以斩行。
方腊被剐了三日才死，头颅又被割下来挂在东京城门楼上示众三天。
这正应了当初方腊与田虎、王庆所发的誓言。
有诗为证：善恶到头终有报，只争来早与来迟。
……
方腊被俘后，义军各部继续转战浙东各地。
童贯派郭仲荀、刘光世、姚平仲等将领兵分路镇压。
这时，还剩几伙比较大的义军。
其一，台州仙居县义军。
这伙义军由俞道安带领与宋军激战。
他们从永嘉县楠溪攻占乐清县，义乌县义军据天仙峒，寿昌县义军据月溪峒。
这伙义军也曾有过不错的形势。
可惜很快天仙峒、月溪峒相继被宋军陷落。
俞道安见起义军真的再没有机会了，便带领剩余义军逃到了温州港。
其二，兰溪县灵山峒义军。
这伙义军由胡三、祝四二将带领。
他们与宋军刘光世部奋战了许久。
后来，就在此部要被消灭之际，花荣派大军将其部救下，然后带着他们退到了温州港。
其三，越州剡县义军。
这伙义军由裘日新带领。
他们与宋军姚平仲部作殊死战。
后来，亦被花荣派军救下，退到了温州港。
其四，方五相公部义军。
这伙义军既不投降宋军，也没有投效李衍的意思，而是企图继续起义。
后来，这伙义军被杨可世部消灭。